حدد الرئيس محمد مرسي اختصاصات وصلاحيات نائبه المستشار محمود مكي ومن أبرز مهامه إصدار القرارات واتخاذ الإجراءات التي تقتضيها الضرورة حال قيام مانع مؤقت يحول دون مباشرة رئيس الجمهورية لاختصاصاته . ولا يشمل ذلك طلب تعديل الدستور. أو حل مجلس الشعب أو مجلس الشوري . أو إقالة الوزارة.
كما منحه صلاحية إصدار القرارات واتخاذ الإجراءات التي يفوضه فيها رئيس الجمهورية في حالة وجوده خارج البلاد. وأيضاً الاطلاع علي مشروعات القوانين والقرارات التي تقترحها الجهات المختصة. ودراستها وإبداء الرأي بشأنها لرئيس الجمهورية.. وأسند رئيس الجمهورية إلي نائبه قيادة مشروع الإصلاح التشريعي بما يكفل استقلال القضاء وترسيخ مبدأ الفصل بين السلطات بما يحقق أهداف ثورة 25 يناير ويؤسس لبناء الدولة الحديثة .
وكلفه أيضاً بالإشراف علي الحوار الديمقراطي بين أطياف الأمة. والقوي السياسية والإشراف علي رعاية الحقوق والحريات الدستورية. ومراقبة احترامها من كافة أجهزة الدولة.